ГПБУ «Мосэкомониторинг» создано в 2001 году постановлением Правительства Москвы от 27.03.2001 № 284-ПП «О создании государственного природоохранного учреждения «Мосэкомониторинг».
Основным направлением деятельности согласно Уставу учреждения является осуществление государственного экологического мониторинга и выполнение функций Единого информационно-аналитического центра системы экологического мониторинга города Москвы.
ГПБУ «Мосэкомониторинг» осуществляет деятельность на основании лицензии Федеральной службы по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды в области гидрометеорологии и смежных с ней областях и имеет в своём составе две испытательные лаборатории, аккредитованные в национальной системе аккредитации (Федеральная служба по аккредитации) на соответствие требованиям ГОСТ ИСО/МЭК 17025 (в целом на 699 показателей, включая проведение исследований проб атмосферного воздуха, промышленных выбросов, природных и сточных вод, почв и почвогрунтов, отходов, моторных топлив, а также определение уровней шума).
