1. Способ секвенирования нуклеиновой кислоты, включающий:
получение образца, содержащего нуклеиновую кислоту;
приведение образца в контакт с ДНК-связывающей молекулой;
приведение образца в контакт с инсерционным ферментным комплексом с получением меченых фрагментов нуклеиновых кислот, причем инсерционный ферментный комплекс ингибируется ДНК-связывающей молекулой; и
секвенирование меченых фрагментов нуклеиновых кислот с получением чтений последовательности.
2. Способ по п. 1, в котором образец представляет собой популяцию клеток, одиночную клетку, популяцию клеточных ядер или ядро одиночной клетки.
3. Способ по любому из пп. 1, 2, в котором образец содержит первичные нуклеиновые кислоты и вторичные нуклеиновые кислоты, причем ДНК-связывающая молекула предпочтительно связывает вторичные нуклеиновые кислоты, а не первичные нуклеиновые кислоты.
4. Способ по п. 3, в котором первичные нуклеиновые кислоты содержат ядерную ДНК.
5. Способ по п. 3, в котором вторичные нуклеиновые кислоты содержат митохондриальную ДНК (мтДНК) или внехромосомную ДНК.
6. Способ по любому из пп. 1-5, в котором ДНК-связывающая молекула содержит ДНК-краситель, аффинную метку, лиганд, фермент, пептид или биомолекулу.
7. Способ по п. 6, в котором ДНК-краситель содержит краситель Hoechst, SYBR Gold, Sytox Orange, Pico Green или Qubit.
8. Способ по любому из пп. 1-7, в котором инсерционный ферментный комплекс представляет собой транспосому, содержащую транспозазу.
9. Способ по любому из пп. 1-8, в котором секвенирование выполняют путем анализа с секвенированием доступного для транспозазы хроматина (ATAC-seq) или путем секвенирования полного генома.
10. Способ по п. 9, в котором ATAC-seq содержит массовый ATAC-seq или ATAC-seq на одиночных клетках.
11. Способ по любому из пп. 1-10, который ингибирует, снижает или устраняет вторичные секвенирующие чтения.
12. Способ ингибирования, снижения или устранения вторичных секвенирующих чтений, включающий:
получение образца, содержащего первичные нуклеиновые кислоты и вторичные нуклеиновые кислоты;
приведение образца в контакт с ДНК-связывающей молекулой, которая предпочтительно связывает вторичные нуклеиновые кислоты; и
выполнение транспонирования ДНК на открытом хроматине, причем вторичные нуклеиновые кислоты не транспонируются или транспонируются с более низкой эффективностью, чем первичные нуклеиновые кислоты.
13. Способ по п. 12, в котором образец представляет собой популяцию клеток, одиночную клетку, популяцию клеточных ядер или ядро одиночной клетки.
14. Способ по любому из пп. 12, 13, в котором ДНК-связывающая молекула содержит ДНК-краситель, аффинную метку, лиганд, фермент, пептид или биомолекулу.
15. Способ по п. 14, в котором ДНК-краситель содержит краситель Hoechst, SYBR Gold, Sytox Orange, Pico Green или Qubit.
16. Способ по любому из пп. 12-15, в котором транспонирование ДНК выполняют с использованием анализа с секвенированием доступного для транспозазы хроматина (ATAC-seq) или секвенирования полного генома из гДНК или из одиночных клеток.
17. Способ по п. 16, в котором ATAC-seq содержит массовый ATAC-seq или ATAC-seq на одиночных клетках.
18. Способ по любому из пп. 12-17, в котором приведение образца в контакт с ДНК-связывающей молекулой блокирует или снижает транспонирование во вторичные нуклеиновые кислоты.
19. Способ по любому из пп. 12-18, в котором первичные нуклеиновые кислоты содержат ядерную ДНК.
20. Способ по п. 19, дополнительно включающий секвенирование ядерной ДНК.
21. Способ по любому из пп. 12-20, в котором вторичные нуклеиновые кислоты содержат митохондриальную ДНК (мтДНК) или внехромосомную ДНК.
22. Библиотека нуклеиновых кислот, содержащая первичные секвенирующие чтения, полученные путем секвенирования ДНК, причем библиотека нуклеиновых кислот не включает в себя или имеет сниженное представление вторичных секвенирующих чтений.
23. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 22, в которой секвенирование ДНК представляет собой анализ с секвенированием доступного для транспозазы хроматина (ATAC-seq) или анализ гДНК с секвенированием полного генома.
24. Библиотека нуклеиновых кислот по любому из пп. 22, 23, в которой первичные секвенирующие чтения представляют собой секвенирующие чтения ядерной ДНК.
25. Библиотека нуклеиновых кислот по любому из пп. 22-24, в которой вторичные секвенирующие чтения представляют собой секвенирующие чтения митохондриальной ДНК (мтДНК) или секвенирующие чтения внехромосомной ДНК.
26. Библиотека нуклеиновых кислот по любому из пп. 22-25, в которой вторичные секвенирующие чтения снижены, ингибированы или устранены благодаря ДНК-связывающим молекулам, которые предпочтительно связываются со вторичной ДНК.
27. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 26, в которой ДНК-связывающая молекула способна связываться со специфической нуклеотидной последовательностью для устранения, снижения или ингибирования секвенирующих чтений или библиотек секвенирования для целевых областей нуклеиновых кислот.
28. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 26, в которой ДНК-связывающая молекула содержит ДНК-краситель, аффинную метку, лиганд, фермент, пептид или биомолекулу.
29. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 28, в которой ДНК-краситель содержит краситель Hoechst, SYBR Gold, Sytox Orange, Pico Green или Qubit.
30. Библиотека нуклеиновых кислот по любому из пп. 22-29, которая создана из популяции клеток, одиночной клетки, популяции клеточных ядер или ядра одиночной клетки.
